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Registro Completo |
Biblioteca(s): |
Embrapa Soja. |
Data corrente: |
21/01/2011 |
Data da última atualização: |
03/06/2011 |
Tipo da produção científica: |
Resumo em Anais de Congresso |
Autoria: |
BORTOLETI, K. C. A.; ABDELNOOR, R. V.; BENKO-ISEPPON, A. M.; BELARMINO, L. C. S.; OLIVEIRA, A. R. S.; NASCIMENTO, I. R.; BRASILEIRO-VIDAL, A. C. |
Afiliação: |
K. C. A. BORTOLETI, Universidade Federal de Pernambuco; RICARDO VILELA ABDELNOOR, CNPSO; A. M. BENKO-ISEPPON, Universidade Federal de Pernambuco; L. C. S. BELARMINO, Universidade Federal de Pernambuco; A. R. S. OLIVEIRA, Universidade Federal de Pernambuco; I. R. NASCIMENTO, Universidade Federal Rural de Pernambuco; A. C. BRASILEIRO-VIDAL, Universidade Federal de Pernambuco. |
Título: |
Distribuição de microssatélites no genoma de leguminosas mediante hibridização in situ fluorescente. |
Ano de publicação: |
2010 |
Fonte/Imprenta: |
In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 56., 2010, Guarujá. Resumos... [Curitiba]: UFPR, 2010. p. 115. |
Idioma: |
Português |
Conteúdo: |
Os microssatélites consistem em unidades de repetição (1 a 5pb) distribuídas em tandem, que podem estar dispersas ao longo dos genomas ou associadas a regiões heterocromáticas. Tais características têm permitido sua utilização na construção de mapas cromossômicos mediante hibridização in situ fluorescente (FISH), auxiliando no entendimento da organização genômica entre espécies proximamente relacionadas. O presente trabalho caracterizou a distribuição de oligonucleotídeos sintéticos (AG)8, (AAG)5, (ACC)5, (CTC)5 e (TGA)6 em Phaseolus vulgaris, P. lunatus, Vigna unguiculata, V. radiata e Glycine max, identificando marcas cromossômicas para a comparação destas leguminosas. Lâminas foram hibridizadas com sondas de oligonucleotídeos e rehibridizadas com DNAr 5S e 45S, provenientes de Lotus japonicus e Arabidopsis thaliana, respectivamente. Em soja, esta análise estendeu-se a uma investigação genômica, a partir de sequências disponibilizadas no banco de dados SoyBase (http://www.soybase.org/), usando o programa BLASTN com os seguintes parâmetros: formato de saída de alinhamentos sem lacunas, matriz de comparação blossum62, valor W padrão, e-value 0.1 ou menor e filtro de baixa complexidade desligado. Os oligonucleotídeos [(AAG)5]10, [(AAC)5]10, [(AG)8]15, [(CTC)5]10 e [(TGA)6]10 foram utilizados como sondas, adotando como ponto de corte valores de identidade de pareamento inferiores a 77%, objetivando caracterizar número, tamanho e localização destas unidades de repetições no genoma. A FISH com oligonucleotídeos evidenciaram marcações pericentroméricas e proximais, embora um padrão de distribuição disperso tenha prevalecido ao longo dos cromossomos das espécies analisadas, com exceção de (AG)8 em soja que não revelou marcações visíveis. O oligonucleotídeo (AAG)5 revelou uma marcação pericentromérica evidente em P. lunatus, tratando-se de um marcador cromossômico para tal espécie. Na hibridização com (ACC)5 notou-se a presença de seis marcações fortes em V. unguiculata, estando uma delas localizada no par cromossômico 10, portador do sítio de DNAr 45S. O microssatélite (TGA)6 revelou uma marcação bem evidente no cromossomo 10 de P. lunatus, identificado pela presença de DNAr 5S. Algumas divergências observadas no padrão de distribuição e na intensidade dos sinais entre os genomas das espécies confirmam a hipótese de que as sequências de DNA repetitivo apresentam uma composição heterogênea. Na análise genômica de soja, foram observados 92, 84, 83, 142 e 103 sítios de repetições para os oligonucleotídeos (AG)8, (AAG)5, (ACC)5, (CTC)5 e (TGA)6, respectivamente, de tamanhos variáveis entre 30 a 454 pb, localizados, principalmente, em regiões de alta a moderada densidade gênica, por vezes associados a genes e elementos transponíveis. Considerando o pequeno tamanho, fica evidente que estas sequências não correspondem aos sítios observados pela FISH, uma vez que esta técnica evidencia apenas sequências com comprimentos acima de 1-3kb. Sugere-se que as marcações localizadas por FISH estejam associadas a regiões de heterocromatina e que sejam constituintes dos mais de 1.000 scaffolds existentes no sequenciamento da soja, não sendo, por essa razão, detectadas pela análise in silico. MenosOs microssatélites consistem em unidades de repetição (1 a 5pb) distribuídas em tandem, que podem estar dispersas ao longo dos genomas ou associadas a regiões heterocromáticas. Tais características têm permitido sua utilização na construção de mapas cromossômicos mediante hibridização in situ fluorescente (FISH), auxiliando no entendimento da organização genômica entre espécies proximamente relacionadas. O presente trabalho caracterizou a distribuição de oligonucleotídeos sintéticos (AG)8, (AAG)5, (ACC)5, (CTC)5 e (TGA)6 em Phaseolus vulgaris, P. lunatus, Vigna unguiculata, V. radiata e Glycine max, identificando marcas cromossômicas para a comparação destas leguminosas. Lâminas foram hibridizadas com sondas de oligonucleotídeos e rehibridizadas com DNAr 5S e 45S, provenientes de Lotus japonicus e Arabidopsis thaliana, respectivamente. Em soja, esta análise estendeu-se a uma investigação genômica, a partir de sequências disponibilizadas no banco de dados SoyBase (http://www.soybase.org/), usando o programa BLASTN com os seguintes parâmetros: formato de saída de alinhamentos sem lacunas, matriz de comparação blossum62, valor W padrão, e-value 0.1 ou menor e filtro de baixa complexidade desligado. Os oligonucleotídeos [(AAG)5]10, [(AAC)5]10, [(AG)8]15, [(CTC)5]10 e [(TGA)6]10 foram utilizados como sondas, adotando como ponto de corte valores de identidade de pareamento inferiores a 77%, objetivando caracterizar número, tamanho e localização destas unidades de repetições no gen... Mostrar Tudo |
Palavras-Chave: |
Microssatélites. |
Categoria do assunto: |
-- |
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/25952/1/GP-115.pdf
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Marc: |
LEADER 04001nam a2200193 a 4500 001 1873953 005 2011-06-03 008 2010 bl uuuu u00u1 u #d 100 1 $aBORTOLETI, K. C. A. 245 $aDistribuição de microssatélites no genoma de leguminosas mediante hibridização in situ fluorescente. 260 $aIn: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 56., 2010, Guarujá. Resumos... [Curitiba]: UFPR, 2010. p. 115.$c2010 520 $aOs microssatélites consistem em unidades de repetição (1 a 5pb) distribuídas em tandem, que podem estar dispersas ao longo dos genomas ou associadas a regiões heterocromáticas. Tais características têm permitido sua utilização na construção de mapas cromossômicos mediante hibridização in situ fluorescente (FISH), auxiliando no entendimento da organização genômica entre espécies proximamente relacionadas. O presente trabalho caracterizou a distribuição de oligonucleotídeos sintéticos (AG)8, (AAG)5, (ACC)5, (CTC)5 e (TGA)6 em Phaseolus vulgaris, P. lunatus, Vigna unguiculata, V. radiata e Glycine max, identificando marcas cromossômicas para a comparação destas leguminosas. Lâminas foram hibridizadas com sondas de oligonucleotídeos e rehibridizadas com DNAr 5S e 45S, provenientes de Lotus japonicus e Arabidopsis thaliana, respectivamente. Em soja, esta análise estendeu-se a uma investigação genômica, a partir de sequências disponibilizadas no banco de dados SoyBase (http://www.soybase.org/), usando o programa BLASTN com os seguintes parâmetros: formato de saída de alinhamentos sem lacunas, matriz de comparação blossum62, valor W padrão, e-value 0.1 ou menor e filtro de baixa complexidade desligado. Os oligonucleotídeos [(AAG)5]10, [(AAC)5]10, [(AG)8]15, [(CTC)5]10 e [(TGA)6]10 foram utilizados como sondas, adotando como ponto de corte valores de identidade de pareamento inferiores a 77%, objetivando caracterizar número, tamanho e localização destas unidades de repetições no genoma. A FISH com oligonucleotídeos evidenciaram marcações pericentroméricas e proximais, embora um padrão de distribuição disperso tenha prevalecido ao longo dos cromossomos das espécies analisadas, com exceção de (AG)8 em soja que não revelou marcações visíveis. O oligonucleotídeo (AAG)5 revelou uma marcação pericentromérica evidente em P. lunatus, tratando-se de um marcador cromossômico para tal espécie. Na hibridização com (ACC)5 notou-se a presença de seis marcações fortes em V. unguiculata, estando uma delas localizada no par cromossômico 10, portador do sítio de DNAr 45S. O microssatélite (TGA)6 revelou uma marcação bem evidente no cromossomo 10 de P. lunatus, identificado pela presença de DNAr 5S. Algumas divergências observadas no padrão de distribuição e na intensidade dos sinais entre os genomas das espécies confirmam a hipótese de que as sequências de DNA repetitivo apresentam uma composição heterogênea. Na análise genômica de soja, foram observados 92, 84, 83, 142 e 103 sítios de repetições para os oligonucleotídeos (AG)8, (AAG)5, (ACC)5, (CTC)5 e (TGA)6, respectivamente, de tamanhos variáveis entre 30 a 454 pb, localizados, principalmente, em regiões de alta a moderada densidade gênica, por vezes associados a genes e elementos transponíveis. Considerando o pequeno tamanho, fica evidente que estas sequências não correspondem aos sítios observados pela FISH, uma vez que esta técnica evidencia apenas sequências com comprimentos acima de 1-3kb. Sugere-se que as marcações localizadas por FISH estejam associadas a regiões de heterocromatina e que sejam constituintes dos mais de 1.000 scaffolds existentes no sequenciamento da soja, não sendo, por essa razão, detectadas pela análise in silico. 653 $aMicrossatélites 700 1 $aABDELNOOR, R. V. 700 1 $aBENKO-ISEPPON, A. M. 700 1 $aBELARMINO, L. C. S. 700 1 $aOLIVEIRA, A. R. S. 700 1 $aNASCIMENTO, I. R. 700 1 $aBRASILEIRO-VIDAL, A. C.
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Registro original: |
Embrapa Soja (CNPSO) |
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Biblioteca |
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URL |
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Registro Completo
Biblioteca(s): |
Embrapa Meio-Norte. |
Data corrente: |
21/02/2017 |
Data da última atualização: |
17/10/2017 |
Tipo da produção científica: |
Autoria/Organização/Edição de Livros |
Autoria: |
JORNADA CIENTÍFICA DA EMBRAPA MEIO-NORTE, 2., 2016, Teresina. |
Título: |
Anais da II Jornada Científica da Embrapa Meio-Norte. |
Ano de publicação: |
2016 |
Fonte/Imprenta: |
Teresina: Embrapa Meio-Norte, 2016. 126 p. |
Idioma: |
Português |
Conteúdo: |
AVALIAÇÃO DA SILAGEM DE GIRASSOL CONTENDO DIFERENTES ADITIVOS; LEVANTAMENTO POPULACIONAL DE PENTATOMIDAE EM FEIJÃO-CAUPI; DESEMPENHO DE GALINHAS CAIPIRAS ALIMENTADAS COM MESOCARPO DE BABAÇU NA RAÇÃO; RESULTADOS PRELIMINARES DA COMPARAÇÃO DE TRÊS MÉTODOS DE EXTRAÇÃO DE DNA DE CAJUÍ; DESEMPENHO DE GALINHAS CAIPIRAS ALIMENTADAS COM INCLUSÃO DE FOLÍOLOS DE JUAZEIRO NA RAÇÃO; SELEÇÃO DE PRIMERS ISSR PARA CARACTERIZAÇÃO MOLECULAR DE ACESSOS DE Dimorphandra mollis Benth (FABACEAE); AVALIAÇÃO DA ABSORÇÃO DE ÁGUA E TEMPO DE COZIMENTO DE GENÓTIPOS DE FEIJÃO-CAUPI DA SUBCLASSE FRADINHO; ANÁLISE COMPARATIVA DE TRÊS PROTOCOLOS DE EXTRAÇÃO DE DNA EM MANGABEIRA; AVALIAÇÃO DAS CONDIÇÕES DO RNA APÓS TRATAMENTO COM DNASE I E PADRONIZAÇÃO DA RT-qPCR EM CANA-DE-AÇÚCAR; AVALIAÇÃO PRELIMINAR DE PRIMERS ISSR PARA CARACTERIZAÇÃO MOLECULAR DE ACESSOS DE PAU-FERRO DA EMBRAPA MEIO-NORTE; EFEITOS DOS PARÂMETROS DE EXTRUSÃO NA SOLUBILIDADE EM ÁGUA DE FARINHA INTEGRAL INSTANTÂNEA DE FEIJÃO-CAUPI; ISOLAMENTO DE DNA GENÔMICO DE CANELEIRO (Cenostigma macrophyllum) PARA ANÁLISE GENÉTICA; EFEITO DA EXTRUSÃO SOBRE A VISCOSIDADE MÁXIMA DE FARINHA PRÉ-GELATINIZADA DE COTILÉDONES DE FEIJÃO-CAUPI; AVALIAÇÃO DA TOLERÂNCIA AO CALOR EM NOVILHAS DE DIFERENTES GRUPOS GENÉTICOS DURANTE O PERÍODO DAS CHUVAS NO MUNICÍPIO DE CAMPO MAIOR, PI; COMPORTAMENTO EM PASTEJO DE CAPRINOS NAMBI E MAROTA MANTIDOS EM PASTAGENS HETEROGÊNEAS; PRESENÇA DE ORTÓLOGOS DE GENES DE TOLERÂNCIA AO DÉFICIT HÍDRICO NAS FORRAGEIRAS NATIVAS ANGICO DE BEZERRO E PAU-FERRO; DESEMPENHO DE GALINHAS CAIPIRAS ALIMENTADAS COM FOLÍOLOS DE ANGICO NA RAÇÃO; BIOMASSA MICROBIANA E ATIVIDADE ENZIMÁTICA DE UM LATOSSOLO EM DIFERENTES SISTEMAS DE MANEJO DO CERRADO PIAUIENSE; CLASSIFICAÇÃO DO CICLO DA SOJA BASEADO NO GRUPO DE MATURIDADE RELATIVA; EFICIÊNCIA SIMBIÓTICA DA CULTIVAR DE FEIJÃO-CAUPI; BRS GUARIBA; INOCULADA COM EXTRATO DE NÓDULOS; PREFERÊNCIA INGESTIVA DE CAPRINOS DE TIPOS BRASILEIROS MANTIDOS EM PASTAGENS HETEROGÊNEAS; EXTRAÇÃO RÁPIDA DE DNA PARA CAMARÃO ROSA (Farfantepenaeus subtilis); DESENVOLVIMENTO DE PRESUNTO DEFUMADO DE TAMBAQUI (Colossoma macropomum); CARACTERISTICAS FENOTÍPICAS DE GALINHAS CAIPIRAS (gallus gallus domesticus) CRIADAS NO MARANHÃO; OCORRÊNCIAS FITOSSANITÁRIAS COMO CAUSA DE BAIXOS RENDIMENTOS DA MELANCIA EM JATOBÁ DO PIAUÍ; AVALIAÇÃO DE ENZIMAS POLIMERASES PARA AMPLIFICAÇÃO DE DNA DE ESPÉCIES DO GÊNERO TRICHOGRAMMA WESTWOOD (HYMENOPTERA, TRICHOGRAMMATIDAE); ANALISE CENTESIMAL DO EMBUTIDO COZIDO DO TIPO PRESUNTO DE TAMBAQUI (Colossoma macropomum); PRODUÇÃO DE BIOMASSA POR ADUBOS VERDES EM PRÉ-PLANTIO DE MACAXEIRA ORGÂNICA; INFLUENCIA DO FORNECIMENTO DE ÁGUA NO INTERIOR DA COLMEIA NO DESENVOLVIMENTO DE COLÔNIAS DE Apis mellifera; PERFIL POLÍNICO DE MÉIS DE Apis mellifera DO TERRITÓRIO VALE DO RIO CANINDÉ-PI; PLANTAS POLINÍFERAS VISITADAS POR Melipona fasciculata Smith, 1854, EM REGIÃO DO CERRADO PIAUIENSE EM PERÍODO DE ESTIAGEM; ANÁLISE POLÍNICA DO MEL DE Melipona fasciculata Smith, 1854, EM REGIÃO DE CERRADO PIAUIENSE; DIVERSIDADE DE MIRIDAE EM CULTIVO DE FEIJÃO-CAUPI, EM TERESINA-PI; DESEMPENHO PRODUTIVO DE CULTIVARES DE SOJA NO MARANHÃO, PIAUÍ E TOCANTINS. MenosAVALIAÇÃO DA SILAGEM DE GIRASSOL CONTENDO DIFERENTES ADITIVOS; LEVANTAMENTO POPULACIONAL DE PENTATOMIDAE EM FEIJÃO-CAUPI; DESEMPENHO DE GALINHAS CAIPIRAS ALIMENTADAS COM MESOCARPO DE BABAÇU NA RAÇÃO; RESULTADOS PRELIMINARES DA COMPARAÇÃO DE TRÊS MÉTODOS DE EXTRAÇÃO DE DNA DE CAJUÍ; DESEMPENHO DE GALINHAS CAIPIRAS ALIMENTADAS COM INCLUSÃO DE FOLÍOLOS DE JUAZEIRO NA RAÇÃO; SELEÇÃO DE PRIMERS ISSR PARA CARACTERIZAÇÃO MOLECULAR DE ACESSOS DE Dimorphandra mollis Benth (FABACEAE); AVALIAÇÃO DA ABSORÇÃO DE ÁGUA E TEMPO DE COZIMENTO DE GENÓTIPOS DE FEIJÃO-CAUPI DA SUBCLASSE FRADINHO; ANÁLISE COMPARATIVA DE TRÊS PROTOCOLOS DE EXTRAÇÃO DE DNA EM MANGABEIRA; AVALIAÇÃO DAS CONDIÇÕES DO RNA APÓS TRATAMENTO COM DNASE I E PADRONIZAÇÃO DA RT-qPCR EM CANA-DE-AÇÚCAR; AVALIAÇÃO PRELIMINAR DE PRIMERS ISSR PARA CARACTERIZAÇÃO MOLECULAR DE ACESSOS DE PAU-FERRO DA EMBRAPA MEIO-NORTE; EFEITOS DOS PARÂMETROS DE EXTRUSÃO NA SOLUBILIDADE EM ÁGUA DE FARINHA INTEGRAL INSTANTÂNEA DE FEIJÃO-CAUPI; ISOLAMENTO DE DNA GENÔMICO DE CANELEIRO (Cenostigma macrophyllum) PARA ANÁLISE GENÉTICA; EFEITO DA EXTRUSÃO SOBRE A VISCOSIDADE MÁXIMA DE FARINHA PRÉ-GELATINIZADA DE COTILÉDONES DE FEIJÃO-CAUPI; AVALIAÇÃO DA TOLERÂNCIA AO CALOR EM NOVILHAS DE DIFERENTES GRUPOS GENÉTICOS DURANTE O PERÍODO DAS CHUVAS NO MUNICÍPIO DE CAMPO MAIOR, PI; COMPORTAMENTO EM PASTEJO DE CAPRINOS NAMBI E MAROTA MANTIDOS EM PASTAGENS HETEROGÊNEAS; PRESENÇA DE ORTÓLOGOS DE GENES DE TOLERÂNCIA AO DÉFICIT HÍDRICO NAS FORRAGEIRAS NATIVAS ANGICO D... Mostrar Tudo |
Palavras-Chave: |
Iniciação científica; Pesquisa científica. |
Thesagro: |
Agricultura; Pecuária; Tecnologia. |
Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/156338/1/AnaisJornadaCientificaEmbrapaMeioNorte2016.pdf
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Marc: |
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